液相色譜柱用于快速分離混合極性樣品，與C8或C18柱相比，疏水性較小，通常可使用水相成分高的洗脫液。對非極性化合物表現了更短的保留時間，對極性化合物幾乎沒有明顯影響。高效液相色譜柱是以液體作為流動相的一種色譜分析法，它亦是根據不同組分在流動相和固定相之間的分配系數的差異來對混合物進行分離的。氣相色譜中評價色譜柱柱效的方法及計算理論塔板數的公式同樣適合于高效液相色譜。
液相色譜系統主要由貯液瓶、泵、進樣器、柱子、柱溫箱、檢測器、數據處理系統組成。對于整個系統而言，柱子、泵和檢測器是核心部件同時也是易出問題的主要部位。
1、若操作過程發現壓力很小，則可能管件連接有漏，注意檢查。當出現錯誤警告，一般為漏液，其中一個感應器中已有溶劑，漏液故障排除后，擦干，點擊On line操作界面中的Instrument/System Off，然后再點擊操作界面中的Instrument/System On即可。
2、連接柱子與管線時，應注意擰緊螺絲的力度，過度用力可導致連接螺絲斷裂。柱接頭處易發生漏液，可能情況為接頭Fittings中間的管子未和接口處貼緊。不同廠家的管線及色譜柱頭結構有差異，不要混用，必要時可使用PEEK管及活動接頭；
3、操作過程若發現壓力非常高，則可能管路已堵，應先卸下色譜柱，然后用分段排除法檢查，確定何處堵塞后解決。若是保護柱或色譜柱堵塞，可用小流量流動相或以小流量異丙醇沖洗，還可采用小流量反沖的辦法（新柱不提倡），若還是無法通暢，則需換柱；
4、運行過程中自動停泵，可能為壓力超過上限或流動相用完；
5、樣品瓶中樣品較少，自動進樣器進樣針無法到達液面，可采用調低進樣針進樣高度的辦法，注意設置時不要使進樣針碰到瓶底，微量樣品分析應使用微量樣品瓶；
6、自動進樣器進樣針未與樣品瓶瓶口對準時，需重新定位。
7、泵壓不穩或流量不準，可能為柱塞桿密封圈問題或seal wash墊圈問題，需更換；
8、長期有規則噪聲，可能原因為室溫不穩（未使用柱溫箱）或使用柱溫箱不當；
9、無峰，可能原因為檢測器選擇錯誤，使用錯誤的流動相，樣品降解；
10、色譜峰比預計的小，可能原因為進樣體積錯誤，檢測器燈故障，進樣問題（瓶號錯、進樣體積不合適、進樣錯誤、針頭堵塞）；
11、出現雙峰/肩峰，可能原因為保護柱或柱入口部分阻塞，柱或保護柱被污染，柱性能下降，保護柱失效，進樣體積太大或樣品濃度太高（樣品過載），平衡破壞；
12、前沿峰，可能原因為進樣體積太大或樣品濃度太高（樣品過載），平衡破壞，對于流動相來說樣品溶劑非極性太強（對于反相柱），柱或保護柱被污染，柱性能下降，保護柱失效；
13、脫尾峰，可能原因為柱或保護柱被污染，柱性能下降，保護柱失效，進樣器問題（如閥漏等），檢測器時間常數設置錯誤；
14、出現鬼峰，可能原因為流動相被污染，樣品預處理時產生降解或混入雜質，先前進樣的流出物，樣品定量管清洗不當，注射器臟，柱被污染，進樣裝置被污染，流動相中含有穩定劑/穩定劑變化。水膜和油膜的外殼有標示的。油膜外有寫F型。
